तपेदिक के निदान और दवा प्रतिरोध का पता लगाने के लिए एक नया हथियार: एक नई पीढ़ी लक्षित अनुक्रमण (TNGS) तपेदिक के लिए मशीन लर्निंग के साथ संयुक्त
साहित्य रिपोर्ट: CCA: TNGS और मशीन लर्निंग पर आधारित एक नैदानिक मॉडल, जो कम बैक्टीरियल तपेदिक और ट्यूबरकुलस मेनिन्जाइटिस वाले लोगों के लिए उपयुक्त है।
थीसिस शीर्षक: तपेदिक-लक्षित अगली पीढ़ी के अनुक्रमण और मशीन लर्निंग: एक अल्ट्रा-सेंसिटिव डायग्नोस्टिक स्ट्रेटेजी फॉर पॉकिफ़िक फुफ्फुसीय ट्यूबलर और ट्यूबलर मेनिन्जाइटिस।
समय -समय पर: 《क्लिनिका चिमिका एक्टा》
अगर ： 6.5
प्रकाशन की तारीख: जनवरी 2024
यूनिवर्सिटी ऑफ चाइनीज एकेडमी ऑफ साइंसेज एंड बीजिंग चेस्ट हॉस्पिटल ऑफ कैपिटल मेडिकल यूनिवर्सिटी के साथ संयुक्त, मैक्रो एंड माइक्रो-टेस्ट ने लक्षित अनुक्रमण (टीएनजीएस) प्रौद्योगिकी और मशीन लर्निंग विधि की नई पीढ़ी के आधार पर एक तपेदिक निदान मॉडल की स्थापना की, जिसने अल्ट्रा-हाई प्रदान किया। कुछ बैक्टीरिया और तपेदिक मेनिन्जाइटिस के साथ तपेदिक के लिए संवेदनशीलता का पता लगाना, दो प्रकार के नैदानिक निदान के लिए एक नई अतिसंवेदनशीलता निदान विधि प्रदान की तपेदिक, और सटीक निदान, दवा प्रतिरोध का पता लगाने और तपेदिक के उपचार में मदद की। इसी समय, यह पाया जाता है कि रोगी के प्लाज्मा सीएफडीएनए का उपयोग टीबीएम के निदान में नैदानिक नमूने के लिए एक उपयुक्त नमूना प्रकार के रूप में किया जा सकता है।
इस अध्ययन में, 227 प्लाज्मा नमूने और मस्तिष्कमेरु द्रव नमूनों का उपयोग दो नैदानिक सहकर्मियों को स्थापित करने के लिए किया गया था, जिसमें प्रयोगशाला नैदानिक कोहोर्ट नमूनों का उपयोग तपेदिक निदान के मशीन लर्निंग मॉडल को स्थापित करने के लिए किया गया था, और नैदानिक नैदानिक कोहोर्ट नमूनों का उपयोग स्थापित करने के लिए किया गया था। नैदानिक मॉडल। सभी नमूनों को पहले माइकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस के लिए एक विशेष रूप से डिज़ाइन किए गए लक्षित कैप्चर जांच पूल द्वारा लक्षित किया गया था। फिर, टीबी-टीएनजीएस अनुक्रमण डेटा के आधार पर, निर्णय ट्री मॉडल का उपयोग प्रयोगशाला नैदानिक कतार के प्रशिक्षण और सत्यापन सेट पर 5-गुना क्रॉस-सत्यापन करने के लिए किया जाता है, और प्लाज्मा नमूनों और मस्तिष्कमेरु द्रव नमूनों के नैदानिक थ्रेसहोल्ड प्राप्त किए जाते हैं। प्राप्त थ्रेशोल्ड को पता लगाने के लिए नैदानिक निदान कतार के दो परीक्षण सेटों में लाया जाता है, और शिक्षार्थी के नैदानिक प्रदर्शन का मूल्यांकन आरओसी वक्र द्वारा किया जाता है। अंत में, तपेदिक का निदान मॉडल प्राप्त किया गया था।
अंजीर। 1 अनुसंधान डिजाइन के योजनाबद्ध आरेख
परिणाम: इस अध्ययन में निर्धारित सीएसएफ डीएनए नमूने (एयूसी = 0.974) और प्लाज्मा सीएफडीएनए नमूना (एयूसी = 0.908) की विशिष्ट थ्रेसहोल्ड के अनुसार, 227 नमूनों के बीच, सीएसएफ नमूने की संवेदनशीलता 97.01%थी, विशिष्टता 95.65%थी, और प्लाज्मा नमूने की संवेदनशीलता और विशिष्टता 82.61% और 86.36% थी। टीबीएम रोगियों से प्लाज्मा सीएफडीएनए और सेरेब्रोस्पाइनल द्रव डीएनए के 44 युग्मित नमूनों के विश्लेषण में, इस अध्ययन की नैदानिक रणनीति में प्लाज्मा सीएफडीएनए और सेरेब्रोस्पाइनल द्रव डीएनए में 90.91% (40/44) की उच्च स्थिरता है, और संवेदनशीलता 95.45% है। (42/44)। फुफ्फुसीय तपेदिक वाले बच्चों में, इस अध्ययन की नैदानिक रणनीति एक ही रोगियों (28.57% बनाम 15.38%) से गैस्ट्रिक जूस के नमूनों के XPERT का पता लगाने के परिणामों की तुलना में प्लाज्मा नमूनों के प्रति अधिक संवेदनशील है।
अंजीर। 2 जनसंख्या के नमूनों के लिए तपेदिक निदान मॉडल का विश्लेषण प्रदर्शन
अंजीर। 3 युग्मित नमूनों के नैदानिक परिणाम
निष्कर्ष: तपेदिक के लिए एक हाइपरसेंसिटिव डायग्नोस्टिक विधि इस अध्ययन में स्थापित की गई थी, जो ओलिगोबैसिलरी ट्यूबरकुलोसिस (नकारात्मक संस्कृति) के साथ नैदानिक रोगियों के लिए उच्चतम पता लगाने की संवेदनशीलता के साथ एक नैदानिक उपकरण प्रदान कर सकता है। प्लाज्मा सीएफडीएनए पर आधारित हाइपरसेंसिटिव तपेदिक का पता लगाना सक्रिय तपेदिक और ट्यूबरकुलस मेनिन्जाइटिस के निदान के लिए एक उपयुक्त नमूना प्रकार हो सकता है (प्लाज्मा नमूनों को मस्तिष्क ट्यूबरकुलोसिस के संदिग्ध रोगियों के लिए मस्तिष्कमेरु द्रव की तुलना में इकट्ठा करना आसान होता है)।
मूल लिंक: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009898123004990? वाया%3dihub
मैक्रो और माइक्रो-टेस्ट ट्यूबरकुलोसिस सीरीज़ डिटेक्शन प्रोडक्ट्स का संक्षिप्त परिचय
तपेदिक रोगियों और विभिन्न आवश्यकताओं की जटिल नमूना स्थिति के मद्देनजर, मैक्रो और माइक्रो-टेस्ट स्पुटम नमूनों, क्वालकॉम लाइब्रेरी निर्माण और अनुक्रमण, और डेटा विश्लेषण से द्रवीकरण निष्कर्षण के लिए एनजीएस समाधान का एक पूरा सेट प्रदान करता है। उत्पाद तपेदिक के रोगियों के तेजी से निदान, तपेदिक के दवा प्रतिरोध का पता लगाने, माइकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस और एनटीएम के टाइपिंग, बैक्टीरिया-नेगेटिव ट्यूबरकुलोसिस और ट्यूबरकुलस लोगों के हाइपरसेंसिविटी डायग्नोसिस को कवर करते हैं।
तपेदिक और माइकोबैक्टीरिया के लिए सीरियल डिटेक्शन किट:
| मद संख्या | प्रोडक्ट का नाम | उत्पाद परीक्षण सामग्री | नमूना प्रकार | लागू मॉडल |
| HWTS-3012 | नमूना रिलीज एजेंट | थूक के नमूनों के द्रवीकरण उपचार में उपयोग किया जाता है, एक प्रथम श्रेणी का रिकॉर्ड संख्या, सुतोंग मशीनरी उपकरण 20230047 प्राप्त किया है। | थूक | |
| HWTS-NGS-P00021 | हाइपरसेंसिटिव तपेदिक के लिए क्वालकॉम मात्रा का पता लगाना किट (जांच कैप्चर विधि) | बैक्टीरिया-नकारात्मक फुफ्फुसीय तपेदिक और मस्तिष्क नोड्यूल्स के लिए गैर-इनवेसिव (तरल बायोप्सी) अतिसंवेदनशीलता का पता लगाना; तपेदिक या गैर-ट्यूबरकुलोसिस माइकोबैक्टीरिया से संक्रमित होने वाले लोगों के नमूनों का विश्लेषण उच्च-गहराई से अनुक्रमण मेटागोनोमिक्स द्वारा किया गया था, और क्या तपेदिक या गैर-ट्यूबरकुलोसिस मायकोबैक्टीरिया संक्रमित थे और मकोबैक्टीरियम ट्यूबरिसी के मुख्य प्रथम-लाइन दवा प्रतिरोध जानकारी की जानकारी का पता लगाने की जानकारी थे आर यू। | परिधीय रक्त, वायुकोशीय लैवेज द्रव, हाइड्रोथोरैक्स और जलोदर, फोकस पंचर नमूना, मस्तिष्कमेरु द्रव। | द्वितीय जनरेशन |
| HWTS-NGS-T001 | माइकोबैक्टीरियम टाइपिंग और ड्रग रेजिस्टेंस डिटेक्शन किट (मल्टीप्लेक्स प्रवर्धन अनुक्रमण विधि) | Mycobacterium टाइपिंग टेस्ट, जिसमें MTBC और 187 NTM शामिल हैं；माइकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस के ड्रग प्रतिरोध का पता लगाने में 13 दवाएं और दवा प्रतिरोध जीन के 16 कोर म्यूटेशन साइट शामिल हैं। | थूक, वायुकोशीय लैवेज द्रव, हाइड्रोथोरैक्स और जलोदर, फोकस पंचर नमूना, मस्तिष्कमेरु द्रव। | दूसरी/तीसरी पीढ़ी का दोहरी मंच |
हाइलाइट्स: HWTS-NGS-T001 माइकोबैक्टीरियम टाइपिंग और ड्रग रेजिस्टेंस डिटेक्शन किट (मल्टीप्लेक्स एम्प्लीफिकेशन विधि)
उत्पाद परिचय
उत्पाद WHO TB उपचार दिशानिर्देशों, मैक्रोलाइड्स और एमिनोग्लाइकोसाइड्स में वर्णित मुख्य प्रथम-और दूसरी पंक्ति की दवाओं पर आधारित है, जो आमतौर पर NTM उपचार दिशानिर्देशों में उपयोग किए जाते हैं, और दवा प्रतिरोध साइटें दवा प्रतिरोध-संबंधित साइटों के सभी एक समूह को कवर करती हैं। कौन माइकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस कॉम्प्लेक्स म्यूटेशन कैटलॉग, साथ ही अन्य रिपोर्ट की गई दवा प्रतिरोध जीन और उत्परिवर्तन साइटों पर उच्च स्कोरिंग साहित्य की जांच और आंकड़े के अनुसार घर और विदेश।
टाइपिंग पहचान NTM उपभेदों पर आधारित है, जो चीनी जर्नल ऑफ ट्यूबरकुलोसिस और श्वसन रोगों और विशेषज्ञों की सर्वसम्मति से प्रकाशित एनटीएम दिशानिर्देशों में संक्षेप में प्रस्तुत की गई है। डिज़ाइन किए गए टाइपिंग प्राइमर 190 एनटीएम प्रजातियों से अधिक को बढ़ा सकते हैं, अनुक्रम और एनोटेट कर सकते हैं।
लक्षित मल्टीप्लेक्स पीसीआर प्रवर्धन प्रौद्योगिकी के माध्यम से, माइकोबैक्टीरियम के जीनोटाइपिंग जीन और दवा प्रतिरोधी जीन को मल्टीप्लेक्स पीसीआर द्वारा प्रवर्धित किया गया था, और पता लगाने के लिए लक्ष्य जीनों के एम्प्लिकॉन संयोजन को प्राप्त किया गया था। प्रवर्धित उत्पादों का निर्माण दूसरी पीढ़ी या तीसरी पीढ़ी के उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण पुस्तकालयों में किया जा सकता है, और लक्ष्य जीन की अनुक्रम जानकारी प्राप्त करने के लिए सभी दूसरी पीढ़ी और तीसरी पीढ़ी और तीसरी पीढ़ी के अनुक्रमण प्लेटफार्मों को उच्च-गहराई से अनुक्रमण के अधीन किया जा सकता है। अंतर्निहित संदर्भ डेटाबेस में निहित ज्ञात उत्परिवर्तन (डब्ल्यूएचओ माइकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस कॉम्प्लेक्स कैटलॉग और दवा प्रतिरोध के साथ इसके संबंध सहित) के साथ तुलना करके, दवा प्रतिरोध या एंटी-ट्यूबरकुलोसिस दवाओं की संवेदनशीलता से संबंधित उत्परिवर्तन निर्धारित किए गए थे। मैक्रो और माइक्रो-टेस्ट के सेल्फ-ओप्ड स्पुटम सैंपल ट्रीटमेंट सॉल्यूशन के साथ, क्लिनिकल थूक के नमूनों की कम न्यूक्लिक एसिड प्रवर्धन दक्षता (पारंपरिक तरीकों की तुलना में दस गुना अधिक) की समस्या हल हो सकती है, ताकि दवा प्रतिरोध अनुक्रमण का पता लगाया जा सके। सीधे नैदानिक थूक नमूनों पर लागू किया जाता है।
उत्पाद का पता लगाने की सीमा
34दवा प्रतिरोध संबंधी जीन18एंटी-कण्य दवाएं और6NTM दवाओं का पता लगाया गया, कवर किया गया297दवा प्रतिरोध साइटें; माइकोबैक्टीरियम तपेदिक के दस प्रकार और अधिक से अधिक190NTM के प्रकार का पता लगाया गया।
तालिका 1: 18+6 ड्रग्स+190+एनटीएम की जानकारी
उत्पाद लाभ
मजबूत नैदानिक अनुकूलनशीलता: थूक के नमूनों को सीधे संस्कृति के बिना स्व-तर्क़त एजेंट के साथ पता लगाया जा सकता है।
प्रयोगात्मक संचालन सरल है: प्रवर्धन संचालन का पहला दौर सरल है, और पुस्तकालय निर्माण 3 घंटे में पूरा हो गया है, जो कार्य दक्षता में सुधार करता है।
व्यापक टाइपिंग और ड्रग प्रतिरोध: एमटीबी और एनटीएम के टाइपिंग और ड्रग प्रतिरोध साइटों को कवर करना, जो नैदानिक चिंता, सटीक टाइपिंग और ड्रग प्रतिरोध का पता लगाने, स्वतंत्र विश्लेषण सॉफ्टवेयर का समर्थन करने और एक क्लिक के साथ विश्लेषण रिपोर्ट उत्पन्न करने के प्रमुख बिंदु हैं।
संगतता: उत्पाद संगतता, मुख्यधारा ILM और MGI/ONT प्लेटफार्मों के लिए अनुकूल।
उत्पाद विनिर्देशन
| उत्पाद कोड | प्रोडक्ट का नाम | पता लगाने का मंच | विशेष विवरण |
| HWTS-NGS-T001 | माइकोबैक्टीरियम टाइपिंग और ड्रग रेजिस्टेंस डिटेक्शन किट (मल्टीप्लेक्स प्रवर्धन विधि) | Ont 、 Illumina 、 Mgi ous Salus Pro | 16/96RXN |
पोस्ट टाइम: जनवरी -23-2024